Anche in questa sede è importante ricordare che, a causa della vasta estensione territoriale, gli stanziamenti finanziari messi a disposizione dell'Autorità di Bacino Interregionale del Sele risultano insufficienti per completare le attività di studio relative alle criticità e ai fabbisogni del proprio territorio. Per superare le evidenti difficoltà connesse all'adempimento dei compiti istituzionalmente imposti è stato necessario, quindi, ricercare fonti di finanziamento alternative, impegnando la Segreteria Tecnico-Operativa nella redazione delle proposte progettuali. Di particolare interesse risultano due progetti elaborati per partecipare al co-finanziamento del programma comunitario LIFE. Il primo relativo alla linea finanziaria Life-Natura, è intitolato Trota Macrostigma e intende sperimentare una metodologia integrata quali-quantitativa atta a definire sia le portate minime che le soglie di qualità delle acque, in funzione della conservazione naturale dell'habitat e per consentire la tutela della trota salmotrutta macrostigma, esemplare oggi in via di estinzione (costo previsto 620.000 euro).
L'altro progetto, relativo alla linea finanziaria Life-Ambiente, è stato elaborato in partenariato con l'Università di Napoli - Dipartimento di Pianificazione e Scienza del Territorio. Esso propone l'applicazione, a scopo dimostrativo e a scala di bacino, di una metodologia innovativa per contrastare il processo di desertificazione in atto. Si prevede, inoltre, l'individuazione, nel territorio di competenza dell'Autorità, di riserve strategiche d'acqua utilizzabili in caso di catastrofi naturali (costo previsto 1.000.000 di euro).